Nuo Ignalinos AE eksploatavimo pradžios panaudotas kuras buvo saugomas specialiuose, šalia reaktorių patalpų įrengtuose išlaikymo baseinuose. Per visą eksploatavimo laikotarpį yra sukaupta apie 22000 šilumą išskiriančių kuro rinklių, tai yra 2500 tonų panaudoto branduolinio kuro (PBK).
PBK saugojimas išlaikymo baseinuose yra laikinas saugojimo būdas, todėl turėjo būti sprendžiama, kaip toliau organizuoti panaudoto branduolinio kuro laikymą. Nesant galimybės išvežti PBK perdirbti, teko ieškoti būdų ilgalaikiam panaudoto branduolinio kuro laikymui IAE aikštelės sąlygomis.
Nuspręsta PBK „sausuoju“ būdu laikyti specialioje aikštelėje CASTOR RBMK-1500 tipo konteineriuose, o vėliau CONSTOR RBMK-1500 tipo konteineriuose. Buvo pastatyta sausojo tipo panaudoto branduolinio kuro saugojimo aikštelė, kurioje šiuo metu galima saugoti iki 120 konteinerių. Saugykla įrengta IAE aikštelėje 1 km atstumu nuo energijos blokų.
Konteineris CASTOR yra metalinis, konteineris CONSTOR – gelžbetoninis. Abiejų tipų konteinerių gamintoja yra kompanija GNS (Vokietija). Metalinių konteinerių sienos daromos iš storo specialios sudėties anglinio plieno. Storos sienos ne tik sustiprina konteinerius, bet kartu yra ir biologinė apsauga nuo jonizuojančiosios spinduliuotės. Gelžbetoniniai konteineriai kiek kitokie – jie sudaryti iš dviejų plonasienių specialios rūšies plieno cilindrų, tarp kurių pripilama betono.
Konteineriams keliami itin griežti reikalavimai. Pirmiausia turi būti užtikrinta, kad konteineryje nesusidarytų sąlygų grandininei branduolių skilimo reakcijai. Tarp kitų svarbių reikalavimų – šilumos pašalinimas, radiacinė sauga, mechaninis atsparumas. Konteinerių sienų storis turi būti toks, kad spinduliuotės dozės galia konteinerio paviršiuje nebūtų didesnė už leistinas ribas ir nebūtų pavojinga juos prižiūrinčiam personalui, gyventojams bei aplinkai. Taip pat būtina, kad konteineriai išliktų nepažeisti kilus gaisrui, potvyniams, žemės drebėjimui, įvykus sprogimui ir net ant jų užkritus lėktuvui. Tokie konteineriai tinka panaudotam branduoliniam kurui saugoti ir transportuoti.
1999 m. kovo mėn. pradėti panaudoto branduolinio kuro perkėlimo iš išlaikymo baseinų į sausojo tipo saugyklą bandymai. Pirmasis plieninis konteineris su panaudotu branduoliniu kuru į panaudoto branduolinio kuro saugyklą nugabentas 1999 m. gegužės 12 d.
Taigi panaudotas branduolinis kuras po kelerių metų saugojimo specialiuose išlaikymo baseinuose ištraukiamas iš jų, perkeliamas į plieninius ar gelžbetoninius konteinerius ir vežamas į šalia elektrinės esančią saugyklą. Tuščias CASTOR konteineris sveria 58 tonas, su panaudotu branduoliniu kuru – apie 72 tonas. Saugykloje konteineris su PBK bus saugomas mažiausiai 50 metų.
Konteinerių CASTOR RBMK-1500 ir CONSTOR RBMK-1500 korpusai turi hermetizuojamų dangčių sistemą. Konteinerių konstrukcija užtikrina saugų ir patikimą laikymą ir normaliomis sąlygomis, ir įvykus galimoms avarijoms.
IAE aikštelėje esanti laikinoji PBK „sausojo“ būdo saugykla jau yra visiškai užpildyta. Likęs PBK, iš išlaikymo baseinų transportuojamas į naująją laikinąją PBK saugyklą (eksploatacijos nutraukimo projektas B1).
Naujoji laikinoji panaudoto branduolinio kuro saugykla (LPBKS) pradėta eksploatuoti 2017 metų gegužės mėnesį. Saugykloje PBK saugomi naujo tipo 4,5 m aukščio ir 2,6 m skersmens metalo ir betono konteineriuose CONSTOR RBMK-1500/М2, kurių kiekvieno svoris su kuru – 118 t. Naujosios LPBKS teritorija užima 5,93 hektaro plotą. Bendra saugyklos talpa – maždaug 17 000 šilumą išskiriančių rinklių (apie 190 konteinerių).
Tokiu būdu bus užtikrintas saugus ir patikimas panaudoto branduolinio kuro saugojimas pagal Lietuvos Respublikos nustatytus reikalavimus, ES standartus ir TATENA rekomendacijas. Saugyklos eksploatavimas truks 50 metų.
Numatoma, kad pasibaigus saugyklos eksploatacijos laikotarpiui bus pastatyta požeminė tokio tipo atliekų saugykla (kitaip dar vadinama Giluminis atliekynas), tačiau jos išdėstymo vieta ir techninės charakteristikos bus svarstomos ateityje. Todėl klausimas dėl panaudoto branduolinio kuro tvarkymo, pasibaigus 50 metų terminui, šiuo metu lieka neišspręstas.