Įmonė vykdo valstybės pavestą specialųjį įpareigojimą:
Iš kitų smulkiųjų radioaktyviųjų atliekų darytojų surenkamų radioaktyviųjų atliekų tvarkymas priskiriamas valstybės pavestoms komercinėms funkcijoms. Įmonės komercinė veikla (IAE nereikalingo turto pardavimas, transporto paslaugų teikimas, nuoma ir kita ūkinė bei investicinė veikla) ir valstybės pavestos komercinės funkcijos sudaro nereikšmingą įmonės veiklos dalį – mažiau nei 1 proc. visos veiklos apimties, todėl finansiniuose duomenyse nėra išskiriami.
Vykdant 2018 m. birželio 20 d. Lietuvos Respublikos energetikos ministro įsakymą Nr. 1-182 "Valstybės įmonės radioaktyviųjų atliekų tvarkymo agentūros reorganizavimo sąlygų aprašas“, ir 2019 m. gruodžio 31 d. prie VĮ IAE prijungus RATA, nuo 2019 m. sausio 1 d., įmonės veikla pasipildė perimtu iš RATA specialiuoju įpareigojimu – Maišiagalos radioaktyviųjų atliekų saugyklos atliekų surinkimu, pradiniu apdorojimu, pervežimu bei paliktųjų / pamestųjų jonizuojančios spinduliuotės šaltinių tvarkymu visoje Lietuvos teritorijoje.
Specialiųjų valstybės įpareigojimų vykdymas, įmonei finansinės naudos negeneruoja, o įmonės gautos pajamos iš savo neženklios komercinės veiklos taip pat yra skiriamos šių įpareigojimų vykdymui.
Specialiųjų įpareigojimų vykdymas ir sudaro pagrindinę įmonės veiklą, todėl visas įmonės patiriamas sąnaudas galima priskirti specialiųjų įpareigojimų vykdymui.